งานจากตัวอย่างผู้ติดเชื้อ Plasmodium vivax ภาคใต้ของไทย 34 คน วิเคราะห์ยีน circumsporozoite protein และเปรียบเทียบกับลำดับอ้างอิงสาธารณะ 281 รายการจากบราซิลและวานูอาตู จากนั้นใช้ IEDB ทำนาย epitope ของ T cell ที่จับกับ HLA ที่พบบ่อยในไทย พบเป้าหมาย CD4+ และ CD8+ หนาแน่นในส่วน N- และ C-terminal ที่อนุรักษ์ และแบบจำลองคาดว่าชุด epitope สะสมครอบคลุมประชากรเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ 95.86% ผลนี้เป็นฐานออกแบบวัคซีน ไม่ใช่ผลทดลองภูมิคุ้มกันหรือการป้องกันโรค
ข้อค้นพบสำคัญ
- ชุด epitope ที่ทำนายร่วมกันให้ population coverage เชิงแบบจำลอง 95.86% ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
- epitope CD4+ และ CD8+ ส่วนใหญ่กระจุกในบริเวณ N- และ C-terminal ที่อนุรักษ์ ขณะที่ central repeat region มี epitope CD4+ ที่ทำนายได้จำกัด
- กรดอะมิโน 9 ตำแหน่งใน epitope ที่ทำนายสำหรับ HLA class I และ II มีความอนุรักษ์ในลำดับจากพื้นที่ที่นำมาเปรียบเทียบ
ทำไมจึงมีความสำคัญระดับโลก
P. vivax กำจัดยากเพราะมีระยะหลบซ่อนในตับและยังไม่มีวัคซีนที่ได้รับอนุญาต การหาเป้าหมายที่อนุรักษ์และสอดคล้องกับ HLA ภูมิภาคช่วยจัดลำดับ peptide สำหรับการทดสอบต่อ แต่ต้องยืนยันการตอบสนองของ T cell และการป้องกันจริงก่อนพัฒนาเชิงคลินิก
บทบาทของนักวิจัยไทย
Pongsakorn Thawornpan, Sasicha Suksapan, Thiranai Kitingen, Piyawan Kochayoo, Pachara Tianpothong และ Patchanee Chootong จากมหาวิทยาลัยมหิดลสร้างฐานข้อมูลจากตัวอย่างผู้ป่วยภาคใต้ของไทยและเชื่อมกับความหลากหลาย HLA ของภูมิภาค
ข้อจำกัดที่ควรรู้
เป็นการทำนายเชิงชีวสารสนเทศ ไม่ได้วัดการจับ peptide–HLA การกระตุ้น T cell หรือประสิทธิผลวัคซีน ตัวอย่างคลินิกไทยมี 34 คน และลำดับเปรียบเทียบสาธารณะในบทคัดย่อมาจากบราซิลกับวานูอาตู ตัวเลข 95.86% คือความครอบคลุมเชิงแบบจำลอง ไม่ใช่อัตราป้องกันโรค